Notes en vrac sur les unicellulaires et les cellules

« Les microbes », est un terme informel regroupant tous les unicellulaires.

Les bactéries n’ont pas de noyaux, mais ont quelques brin d’ADN flottant à l’intérieur.

Les microbiotes sont des populations spécifiques de bactéries, le plus célèbre est dans l’intestin, cet exemple particulier est celui des antérotypes, alias microbiotes intestinaux.

Les bactéries et les archées sont très souvent anaérobies et souvent extrêmophiles ; les eucaryotes, les plus communes, sont quelques fois extrêmophiles.

Les protistes sont les eucaryotes qui ne sont ni végétales ni animales.

Les virus sont parfois considérés comme vivant (pas de consensus sur la question), et peuvent être infectés par d’autres virus. Les bactéries aussi, peuvent être infectées par des virus.

Les hétérotrophes, ne font pas de photosynthèse.

Les halophiles aiment les milieux salin.

Les champignons regroupent les levures et les mousses et ne font pas de photosynthèse (pourtant, les mousses …). Ce sont des recycleurs.

Les virus n’ont qu’un ARN ou qu’un ADN, contrairement aux autres microbes, qui ont les deux, de l’ADN et de l’ARN.

Généralement, les virus à ARN se multiplient dans le cytoplasme et les virus à ADN, dans le nucleus. Les virus à ARN sont plus adaptatif et peuvent franchir facilement la frontière des espèces, tandis que les virus à ADN sont normalement fidèle à un génome.

Le peptidoglycane est un constituant spécifique des membranes des bactéries, il ne se trouve ni dans les cellules animales ni dans les cellules végétales.

Les flagelles des bactéries qui en ont, ne sont pas observables au microscope optique, il faut un microscope électronique. Mais au microscope optique, on peut parfois observer les effets de l’agitation des flagelles, qui les trahissent.

Les bactéries capsulées peuvent résister à la phagocytose.

Les cellules qui ne font pas de la photosynthèse, font de la chimiosynthèse. La digestion est un type de chimiosynthèse, et même certaines unicellulaires, digèrent, mais à l’extérieur, via des enzymes qu’elles secrètent.

Les six éléments principaux nécessaires aux bactéries : carbone, azote, oxygène, hydrogène, phosphore et soufre. Ils représentent environ 95 % du poids sec d’une bactérie. Les bactéries contiennent en poids, 80 à 90 % d’eau.

On peut compter des bactéries avec la cytométrie en flux ou des compteurs électroniques de particules ou par turbidimétrie ou par densité optique.

Introduction à la microbiologie générale — World of Biology — 2017

Cette vidéo semble suggérer que les eucaryotes ont toujours des organites (dont les mitochondries et les chloroplastes sont deux exemples) et que les bactéries sont toujours des procaryotes. Il est dit que personne n’est sûr de comment à un moment des bactéries sont des devenues les organites dans les eucaryotes.

How two microbes changed history — PBS Eons — 2018

La division eucaryotes / procaryotes est inexacte, et la division archées / bactéries / eucaryotes, est la plus admise. La première division était héritée de la classification classique, la seconde division, est un produit de la classification phylogénétique. Si on parle de procaryotes, c’est alors pour parler indistinctement des bactéries et des archées, qui ont en commun de ne pas avoir un noyaux délimité par une membrane (l’ADN flotte librement dans la procaryote).

Sur la différence entre archées et bactéries : les archées (en fait seulement certaines) produisent du méthane, pas les bactéries, et il y a un ancêtre commun entre les archées et les eucaryotes, plus proche qu’avec les bactéries, ces dernières étant un ancêtre des deux premières. Je me demande maintenant si les organites sont des archées ou des bactéries, je dirais plutôt des bactéries, mais je ne fais que deviner.

Archées / bactéries — Connecscientes — 2018

Valonia ventricosa est une algue unicellulaire dont la taille peut atteindre 5 cm de diamètre.

Constituée d’une seule cellule, pouvant pourtant être aussi grande …

J’ai l’impression que ce qui est appelé protiste, est en fait le plus proche ancêtre commun des archées et des eucaryotes, ou quelque part par là.

Vers la fin de cette vidéo, une classification qui me surprend. Il existe des bactéries à gram positif et à gram négatif, les premières ayant entre autres, une paroi plus fine que les secondes. Vers la fin de la vidéo apparaît une liste qui extrait les bactéries à gram positif en un règne à part, à côté des archées, des bactéries et des protistes. Le fait de considérer les protistes comme un règne, au lieu des eucaryotes, me semble surprenant aussi, mais je rapporte :

• Archées
  

  • Méthanogènes
    
  • Extrêmophiles
• Bactéries
• Bactéries à gram positif
  

  • Protéobactéries
    
  • Cyanobactéries
    
  • Spirochètes
    
  • Chlamydies
• Protistes
  

  • Protozoaires
    
  • Algues
    
  • Myxomycètes

Archaea, bacteria and protists — CrashCourse — 2012

Sur comment des archées ont incorporé d’autres procaryotes pour finir par devenir des eucaryotes, les procaryotes absorbées devenant des organites, une théorie nommée théorie endosymbiotique. La vidéo rapporte ce qui valide cette théorie :

• Les organites se divisent dans les eucaryotes, de la même manière que le font les procaryotes existant encore en dehors des eucaryotes.
• Les organites ont un génome de structure différente de celle de l’eucaryote.
• Les organites ont une membranes en plus, comparés au procaryotes existant encore en dehors des eucaryotes, et la membranes supplémentaire a la même constitution que celle de l’eucaryote.

Les deux principaux types de procaryotes qui ont été absorbés sont :

• Des procaryotes ayant la capacité de produire des sucres à partir de la lumière solaire, c’est à dire de faire de la photosynthèse. Ces procaryotes sont devenues les organites nommées chloroplastes, que l’on trouve dans les cellules des plantes (et je crois de quelques rares animaux marins).
• Des procaryotes ayant la capacité d’utiliser l’oxygène de l’air pour casser les molécules de sucre et en tirer de l’énergie. Ces procaryotes sont devenues les organites nommées mitochondries, que l’on trouve dans les cellules des animaux et des plantes (celles des plantes sont différentes de celles des animaux). Ceci n’a été utile que quand l’atmosphère a commencé à contenir de l’oxygène.

How we think complex cells evolved — TED Ed — 2015

Dans les procaryotes, les ribosomes font de l’assemblage de protéines à partir d’acides aminés.

Note en marge : certains acide aminés peuvent être synthétisés à partir d’autres acide aminés, mais j’ignore si ce sont les ribosomes qui le font aussi ou autre chose.

Je me demande comment la division des organites est synchronisée avec celle de l’eucaryote, si synchronisation il y a, parce que ça se passe peut‑être autrement.

D’après d’autres sources, les archées sont les plus anciennes procaryotes. Donc ce serait le contraire, les bactéries auraient les archées comme ancêtre ? Ou alors les deux seraient apparues indépendamment ?

J’avais entendu que les archées avaient été nommées ainsi, d’après la croyance qu’elles étaient les plus anciennes bactéries, c’est à dire des archéobactéries, mais qu’on sait maintenant que c’est faux. J’entend ailleurs que les archées, qui sont des extrêmophiles, sont plus anciennes que les bactéries, ce qui est crédible. Il y a une contradiction entre les deux affirmations.

Ce n’est pas clair, tout comme les protistes présentées comme ancêtres des eucaryotes d’après certaines sources, alors que d’autres sources dise qu’une espèce d’archée a été l’ancêtre de toutes les eucaryotes.