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Chimie organique et biochimie
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Mar 6 Nov 2018 21:49
Message Re: Chimie organique et biochimie
Il existe deux standards de fait, pour le stockage, la communication et la représentation informatique de molécules : SMILES, de la société Daylight et InChI, de l’organisation IUPAC. Les deux diffèrent en quelques points importants.

SMILES n’a pas de forme canonique standard, si bien qu’il n’est pas commode pour l’indexation de documents sur des molécules. InChI n’existe que sous forme logicielle, n’a pas de standard formel le définissant, et ne permet pas de distinguer certaines configurations électroniques des molécules (ex. les zwitterions).

SMILES permet généralement de représenter plus fidèlement une molécule et sa configuration électronique. InChI permet de désigner des molécules sans ambiguïté, modulo certaines différences de configurations électroniques qui sont considérées comme identiques.

Les deux, SMILES et InChI, sont utilisés pour l’indexation de et les requêtes sur, des molécules dans plusieurs bases de données publiques, comme PubChem.

Ce petit résumé étant fait, voici les liens me semblant les plus pertinents, sur chacun d’eux, d’abord sur SMILES puis sur InChI.


SMILES :



InChI :



Lien à part, une possible solution pour avoir une forme SMILES canonique standard, en utilisant InChI : Towards a Universal SMILES representation — A standard method to generate canonical SMILES based on the InChI (researchgate.net).

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Ven 18 Jan 2019 10:50
Message Re: Chimie organique et biochimie
Voir ce message, à propos de la production de composés intéressants, nommés dextranes ou polysaccharides : Re: Séchage ou saumure ?.

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Mar 23 Avr 2019 12:44
Message Re: Chimie organique et biochimie
Ce message n’est pas sur de la chimie organique, mais sur de la chimie et de la physique.

Les atomes d’hélium‑4, qui sont composés de 2 neutrons, 2 protons et 2 électrons, se comportent comme des particules nommées bosons. C’est cette isotope de l’hélium qui devient un hyper‑fluide quand il est refroidi à une température proche du zéro absolu.

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Dim 5 Mai 2019 22:57
Message Re: Chimie organique et biochimie
Le carbone 12 est souvent la signature d’une activité biologique. Plus exactement le ration de carbone 12 par rapport au carbone 13. Les activité biologiques laissent comme trace, des proportions de carbone 12 plus élevées qu’avec les proportions naturelles des isotopes du carbone.

Il semble qu’une enzyme est impliquée. Je n’ai pas compris si elle transforme le carbone 13 en carbone 12 ou évacue le carbone 13.

La vidéo ci‑dessous en parle. C’est une vidéo sur des suspicions que la vie sur Terre est apparue il y a 4 milliards d’années et non‑pas 3 ou 3 et demi. Ce sont des concentrations en carbone 12 qui en serait la preuve, une preuve qui reste encore discutable.

The search for the earliest life — PBS Eons — 2017PBS Eons

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Ven 28 Juin 2019 00:37
Message Re: Chimie organique et biochimie
Une note en marge pour dire que cette année, c’est l’anniversaire des 150 ans de la classification périodique des éléments, formulée par Mendeleïev en 1869.

Celebrating 150 years of the Periodic Table — Fermilab — 2019

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Ven 19 Juil 2019 02:09
Message Re: Chimie organique et biochimie
Hibou a écrit : 
[…] Chaque orbitale peut contenir au plus deux électrons, et ces deux électrons ne peuvent pas avoir le même spin. […]

Pourvu que leurs spins soient de signes opposés, deux électrons peuvent même occuper le même point de l’espace en même temps. Voir : Re: Le spin des électrons et le magnétisme.

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Lun 5 Aoû 2019 02:45
Message Re: Chimie organique et biochimie
Ça ne concerne pas directement la chimie organique, ce sont deux notes.

Un neutron isolé se désintègre au bout de 15 mn environ en moyenne. Bien que électriquement neutre, les neutrons sont beaucoup moins stables que les protons. J’imagine que quelque chose fait qu’ils sont aussi stables que les protons, quand ils sont dans le noyau d’un atome.

Il peut arriver qu’un photon éjecte un électron d’un atome. J’ignore comment, comme habituellement soit le photon est absorbé soit il passe comme si rien n’était là.

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Dim 6 Oct 2019 11:18
Message Re: Chimie organique et biochimie
Un exemple d’utilisation de la chromatographie pour l’étude de la composition des plantes : VALBIODIV, chapitre 3 (bservatoire-biodiversite-centre.fr).

Une technique artisanale mais peu précise, de chromatographie, a été présentée dans un précédent message.

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