Chimie organique et biochimie

Il existe deux standards de fait, pour le stockage, la communication et la représentation informatique de molécules : SMILES, de la société Daylight et InChI, de l’organisation IUPAC. Les deux diffèrent en quelques points importants.

SMILES n’a pas de forme canonique standard, si bien qu’il n’est pas commode pour l’indexation de documents sur des molécules. InChI n’existe que sous forme logicielle, n’a pas de standard formel le définissant, et ne permet pas de distinguer certaines configurations électroniques des molécules (ex. les zwitterions).

SMILES permet généralement de représenter plus fidèlement une molécule et sa configuration électronique. InChI permet de désigner des molécules sans ambiguïté, modulo certaines différences de configurations électroniques qui sont considérées comme identiques.

Les deux, SMILES et InChI, sont utilisés pour l’indexation de et les requêtes sur, des molécules dans plusieurs bases de données publiques, comme PubChem.

Ce petit résumé étant fait, voici les liens me semblant les plus pertinents, sur chacun d’eux, d’abord sur SMILES puis sur InChI.


SMILES :

• SMILES Tutorial (daylight.com).
• SMILES - A Simplified Chemical Language (daylight.com).
• OpenSMILES specification (opensmiles.org).

InChI :

• The IUPAC International Chemical Identifier, InChI (iupac.org).
• InChI Canonicalization Algorithm (depth-first.com), 2006.
• InChI, the IUPAC International Chemical Identifier (nih.gov).

Lien à part, une possible solution pour avoir une forme SMILES canonique standard, en utilisant InChI : Towards a Universal SMILES representation — A standard method to generate canonical SMILES based on the InChI (researchgate.net).

Voir ce message, à propos de la production de composés intéressants, nommés dextranes ou polysaccharides : Re: Séchage ou saumure ?.

Ce message n’est pas sur de la chimie organique, mais sur de la chimie et de la physique.

Les atomes d’hélium‑4, qui sont composés de 2 neutrons, 2 protons et 2 électrons, se comportent comme des particules nommées bosons. C’est cette isotope de l’hélium qui devient un hyper‑fluide quand il est refroidi à une température proche du zéro absolu.

Le carbone 12 est souvent la signature d’une activité biologique. Plus exactement le ration de carbone 12 par rapport au carbone 13. Les activité biologiques laissent comme trace, des proportions de carbone 12 plus élevées qu’avec les proportions naturelles des isotopes du carbone.

Il semble qu’une enzyme est impliquée. Je n’ai pas compris si elle transforme le carbone 13 en carbone 12 ou évacue le carbone 13.

La vidéo ci‑dessous en parle. C’est une vidéo sur des suspicions que la vie sur Terre est apparue il y a 4 milliards d’années et non‑pas 3 ou 3 et demi. Ce sont des concentrations en carbone 12 qui en serait la preuve, une preuve qui reste encore discutable.

The search for the earliest life — PBS Eons — 2017PBS Eons

Une note en marge pour dire que cette année, c’est l’anniversaire des 150 ans de la classification périodique des éléments, formulée par Mendeleïev en 1869.

Celebrating 150 years of the Periodic Table — Fermilab — 2019

Pourvu que leurs spins soient de signes opposés, deux électrons peuvent même occuper le même point de l’espace en même temps. Voir : Re: Le spin des électrons et le magnétisme.

Ça ne concerne pas directement la chimie organique, ce sont deux notes.

Un neutron isolé se désintègre au bout de 15 mn environ en moyenne. Bien que électriquement neutre, les neutrons sont beaucoup moins stables que les protons. J’imagine que quelque chose fait qu’ils sont aussi stables que les protons, quand ils sont dans le noyau d’un atome.

Il peut arriver qu’un photon éjecte un électron d’un atome. J’ignore comment, comme habituellement soit le photon est absorbé soit il passe comme si rien n’était là.

Un exemple d’utilisation de la chromatographie pour l’étude de la composition des plantes : VALBIODIV, chapitre 3 (bservatoire-biodiversite-centre.fr).

Une technique artisanale mais peu précise, de chromatographie, a été présentée dans un précédent message.

Les glucides sont aussi appelés hydrates de carbone, parce qu’ils contiennent de l’hydrogène et de l’oxygène dans un rapport 2:1, comme pour l’eau, H₂O.

Les propriétés physiques ou biologiques d’une molécule, ne dépendent pas que de sa formule chimique. Des molécules peuvent avoir la même composition, mais avoir des propriétés différentes parce que les positions des atomes les composant, sont différentes. On appel de telles molécules ne différant que par la position des atomes, des isomères.

Les isomères sont fréquents en biologie. Par exemple le fructose, le galactose et le glucose, sont des isomères.

On peut dire qu’une molécule Y est un isomère d’une molécule X où X est considéré comme la forme de référence. Par exemple on dit que le fructose est un isomère du glucose. J’ignore comment est choisie la forme de référence.